Prvé písomné údaje o Beňadikovciach sú z roku 1415 v listine uhorského kráľa Žigmunda, kde sa spomína, že obec patrí do Makovického hradného panstva. Je známe, že Makovicu dostali v roku 1364 šoltýsi (Cudari) od kráľa Ľudvika Veľkého.

V roku 1427 boli tunajšie sedliacke domácnosti zdanené od 31 port. Stálo tu vyše 30 domov. Vtedy Beňadikovce patrili k veľkým dedinám. Z roku 1492 je najstarší doklad o drevenom kostole s cintorínom. Koncom 16. storočia boli Beňadikovce stredne veľkou dedinou. Okrem rodín šoltýsov a osadenstva fary tu žili najmä poddaní. Živili sa poľnohospodárstvom, chovali dobytok, ošípané. Beňadikovce mali aj svoj erb - snop obilia a kosák. Rok 1837 sa uvádza ako rok použitia erbu na obecnej pečati. Po roku 1945 sa obecné erby prestali používať a tým aj erb obce Beňadikovce.

Názov dediny sa v písomnostiach z 15. - 16. storočia vyskytuje v maďarizovanej podobe slovenského názvu alebo v maďarskom názve v zmysle Beňadikova Poruba.

Obec pravdepodobne založil Beňadik Cudár, vladár Makovice, podľa ktorého dostala i pomenovanie. To sa postupom vývoja menilo:

Miestne pomenovanie je od nepamäti "Beňadykivci". Do roku 1960 patrili okresu Giraltovce, v rokoch 1960 - 1968 okresu Bardejov a od roku 1968 okresu Svidník.

V období 1. svetovej vojny bola obec zničená a spustošená. Bojovalo sa na Vrchu Seredňom a Studenom. V obecnej kronike sa uvádza, že pri hradskej ceste na Potoku je jeden masový hrob v počte 200 padlých vojakov.

Roky 1941 - 1943 sú rokmi vojny, biedy, hladu a utrpenia. 29. novembra bola vyhlásená evakuácia. Ľudia sa mali odsťahovať ďalej na západ. Nechceli však opustiť svoje príbytky. V Košarkoch mali porobené zákopy. V neistote a strachu prežili tak od 29. augusta 1944 do 19. januára 1945 - Dňa oslobodenia obce.

Po prechode frontu po 2. svetovej vojne začal v obci nový život. V roku 1948 sa opravila cesta na asfaltovú, roku 1950 bol zavedený telefón pre celú obec. Od roku 1954 premáva autobus, elektrifikácia sa ukončila v roku 1957. Do roku 1959 ľudia hospodárili súkromne. Po kolektivizácii v roku 1960 založili JRD, predsedom ktorého sa stal Ján Duleba. Od roku 1972 sa toto RD stáva súčasťou RD "Radomka" so sídlom v Šarišskom Štiavniku. Zavedením obecného rozhlasu roku 1965 sa končí i verejná činnosť dedinského bubnára.

Obce boli spravované miestnymi národmými výbormi s postom predsedu. Po roku 1990 a vzniku obecných úradov 4 volebné obdobia starostoval obci Ondrej Kurilla. Súčasným starostom obce je Ladislav Džogan.